部门职责：负责全台财务工作、国有资产、基本建设与维护等管理工作。内含财务办公室、资产管理办公室、基建办公室。

财务办公室的职责：财务办公室是负责全台财务工作的管理部门。制订台财务管理的执行办法和规定，做到按法理财，按规章制度理财；有计划地组织、筹集、分配和运作资金；对台内经济活动进行核算、监督与控制；及时、准确、全面地反映全台财务状况；努力提高资金使用效益，防止铺张浪费、堵塞漏洞。

资产管理办公室的职责：归口管理全台国有资产（包括房地产、仪器设备、家具、图书、股权等等），保障国有资产的安全；代表单位行使投资权益。

基建办公室的职责：根据全台科学事业的发展需要，制定园区建设和基本建设规划和年度计划；负责申报基建计划和预算经费申请；组织实施各项基本建设项目，包括野外台站的基本建设；承担基建维修工作。